In den Klassen eins bis zwei hören die Kinder zunächst Märchenerzählungen und Heiligenlegenden. Die Schöpfungsgeschichte und Geschichten aus dem Alten Testament sind Themen der dritten Klasse. Inhalte der vierten Klassenstufe sind die Geschichten aus der nordisch-germanischen Mythologie und die deutschen Heldensagen. Ab der fünften Klasse behandelt der Geschichtsunterricht die indischen, persischen und ägyptischen Hochkulturen, gefolgt von der griechischen Antike. Die sechste Klasse hat die römische Geschichte sowie die Zeit Karls des Großen bis hin zum ausgehenden Mittelalter zum Thema. Schwerpunkte der siebten Klasse sind die Französische und die Industrielle Revolution. Die achte Klasse sollte von der Weimarer Republik über die beiden Weltkriege bis hin zur Gründung der Bundesrepublik führen.
Die neunte Klasse bildet den Übergang zur Oberstufe. Hauptthemen der beiden Geschichtsepochen sind die vielfältigen gesellschaftlichen, politischen und wirtschaftlichen Veränderungen seit dem 18. Jahrhundert, im Besonderen die Revolutionen der Moderne.
Ab der zehnten Klasse steht die Geschichte der Menschheit von den frühen Hochkulturen über das Mittelalter bis in die Neuzeit im Mittelpunkt. Dabei werden die Themen unter wissenschaftlichen Fragestellungen in den Blick genommen. Im Zentrum des Unterrichts stehen nun die Interpretation geschichtlicher Quellen (Text- und Bildquellen). Dabei entwickeln die Schüler eigene Fragen und Perspektiven.
Da die Schüler der Freien Waldorfschule Heidenheim eine schriftliche Abiturprüfung im Fach Geschichte ablegen, wird in der 12. und 13. Klasse der an staatlichen Gymnasien übliche Stoff unterrichtet – also die politische, wirtschaftliche und soziale Geschichte seit 1789.